Výkon štyroch testov na zosilnenie nukleových kyselín na identifikáciu SARS-COV-2 v Etiópii

Ďakujeme za návštevu nature.com. Používate verziu prehliadača s obmedzenou podporou CSS. Najlepšie skúsenosti odporúčame, aby ste použili aktualizovaný prehliadač (alebo zakázal režim kompatibility v internetovom prieskume). Okrem toho, aby sme zaistili nepretržitú podporu, zobrazujeme stránku bez štýlov a JavaScript.
Zobrazuje kolotoč tri snímky naraz. Použite predchádzajúce a ďalšie tlačidlá na presun po troch snímkach naraz, alebo použite posuvné tlačidlá na konci, aby ste sa pohybovali tromi snímkami naraz.
Od vypuknutia koronavírusovej choroby v roku 2019 (Covid-19) sa po celom svete vyvinulo mnoho komerčných testov amplifikácie nukleových kyselín (NAATS) a stali sa štandardnými testami. Aj keď sa pri laboratórnych diagnostických testoch rýchlo vyvinulo niekoľko testov a uplatňovalo sa, výkonnosť týchto testov nebola hodnotená v rôznych prostrediach. Cieľom tejto štúdie bolo preto vyhodnotiť výkonnosť Abbott SARS-Cov-2, Daan Gene, BGI a Sansure biotechnologické testy pomocou kompozitného referenčného štandardu (CRS). Štúdia sa uskutočnila na Etiópskom ústave verejného zdravia (EPHI) od 1. do 30. decembra 2020. 164 vzoriek nosohltanu sa extrahovali pomocou súpravy QiaAMP RNA Mini a systému prípravy vzorky Abbott DNA. Zo 164 vzoriek bolo 59,1% pozitívnych a 40,9% bolo negatívnych na CRS. Pozitivita sansure biotechnotenta bola významne nízka v porovnaní s CRS (p <0,05). Pozitivita sansure biotechnotenta bola významne nízka v porovnaní s CRS (p <0,05). Полительные результаты Sansure Biotech ыыли значительно ниже по сравнению с Crs (p <0,05). Pozitívne výsledky spoločnosti Sansure Biotech boli významne nižšie v porovnaní s CRS (p <0,05).与 Crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0,05）。与 Crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0,05）。 „BioTech Biotech ыыло значительно менше положительных результататов по сравнению с Crs (p <0,05). Spoločnosť Sansure Biotech mala v porovnaní s CRS podstatne menej pozitívnych výsledkov (p <0,05).Celková dohoda týchto štyroch analýz bola 96,3–100% v porovnaní s CRS. Okrem nízkej miery pozitivity testu sansure biotechnologických testov bola výkonnosť štyroch testov takmer porovnateľná. Test Sansure Biotech [iba výskum (RUO)] si vyžaduje ďalšie overenie pre jeho použitie v Etiópii. Nakoniec by sa mal zvážiť ďalší výskum na vyhodnotenie testov s nárokmi na príslušné výrobcu.
Laboratórne testovanie je súčasťou strategického plánu Svetovej zdravotníckej organizácie (WHO) pre Coronavirus Chorobe 2019 (Covid-19) pripravenosť a reakciu (SPRP). WHO radí, aby krajiny musia vybudovať laboratórnu kapacitu na zlepšenie pripravenosti, riadneho riadenia prípadov, ostražitosť a rýchlu reakciu na výzvy v oblasti verejného zdravia. To naznačuje, že úloha laboratória je kľúčom k charakterizácii ochorenia a epidemiológie vznikajúcich infekčných látok a kontroly ich šírenia.
Diagnóza Covid-19 vyžaduje epidemiologické a lekárske informácie, osobné príznaky/príznaky a rádiografické a laboratórne údaje2. Keďže vypuknutie Covid-19 bolo hlásené vo Wuhan v Číne, na celom svete sa vyvinulo mnoho komerčných testov amplifikácie nukleových kyselín (NAATS). Real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) has been used as a routine and standard method for laboratory diagnosis of severe acute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2)3 infection. Molekulárna detekcia SARS-COV-2 je typicky založená na génoch N (nukleokapsidový proteín), gény E (génu Envelope Proteín) a RDRP (RNA-dependentný RNA polymerázový polymerázový gén) v ORF1A/B (otvorený čítaný rám 1A/B). Gene) oblasť identifikovaná z vírusového genómu. Považujú sa za hlavné konzervované oblasti nájdené v vírusových genómoch pre rozpoznávanie vírusu4. Medzi týmito génmi majú gény RDRP a E vysokú citlivosť na analytickú detekciu, zatiaľ čo N gén má nízku analytickú citlivosť55.
Výkon testov PCR sa môže líšiť v závislosti od rôznych faktorov, ako sú: extrakčné činidlá, amplifikačné/detekčné činidlá, metóda extrakcie, kvalita stroja PCR a ďalšie prístroje. Od apríla 2020 dostalo viac ako 48 rôznych diagnostických zariadení z deviatich krajín povolenie na núdzové použitie (EUA) pre Covid-196 Diagnostics. V Etiópii sa na detekciu SARS-2 v 26 inštitúciách verejného zdravotníctva používa viac ako 14 platforiem PCR v reálnom čase, vrátane ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 a Quant-Studio7. Okrem toho sú k dispozícii rôzne testovacie súpravy PCR, ako napríklad test génu Daan, test Abbott SARS-Cov-2, test sansure biotechnologický test a test SARS-2 BGI. Aj keď je RRT-PCR vysoko citlivý, niektorí pacienti s Covid-19 uvádzajú falošne negatívne výsledky v dôsledku nedostatočných kópií vírusovej kyseliny ribonukleovej (RNA) vo vzorkách v dôsledku nesprávneho zberu, transportu, skladovania a manipulácie a laboratórneho testovania. Podmienky a činy personálu8. Okrem toho vzorka alebo kontrola mishandlingu, nastavenie prahovej hodnoty cyklu (CT) a krížová reaktivita s inými patogénnymi nukleovými kyselinami alebo neaktívna/zvyšková RNA SARS-COV-2 môže viesť k falošne pozitívnym výsledkom k testom RRT-PCR9. Je teda zrejmé, že testy PCR môžu skutočne identifikovať nosiče génových fragmentov, pretože nemôžu rozlišovať medzi skutočne aktívnymi vírusovými génmi, takže testy môžu identifikovať iba nosičov a nie pacientov10. Preto je dôležité hodnotiť diagnostický výkon pomocou štandardných metód v našom prostredí. Aj keď je v Etiópskom inštitúte verejného zdravia (EPHI) a v celej krajine k dispozícii veľa reagencií NAAT, zatiaľ nebolo hlásené žiadne porovnávacie hodnotenie ich účinnosti. Cieľom tejto štúdie bolo preto vyhodnotiť porovnávaciu výkonnosť komerčne dostupných súprav na detekciu SARS-COV-2 pomocou RRT-PCR pomocou klinických vzoriek.
Do tejto štúdie bolo zahrnutých celkom 164 účastníkov s podozrením na Covid-19. Väčšina vzoriek bola z liečebných stredísk (118/164 = 72%), zatiaľ čo zvyšných 46 (28%) účastníkov bolo z nerešpektovacích stredísk. Medzi účastníkmi, ktorí neboli liečení v centre, 15 (9,1%) malo klinicky podozrenie na prípady a 31 (18,9%) malo kontakty s potvrdenými prípadmi. Deväťdesiattri (56,7%) účastníkov bolo mužov a priemerný (± SD) vek účastníkov bol 31,10 (± 11,82) rokov.
V tejto štúdii boli stanovené pozitívne a negatívne miery štyroch testov na Covid-19. Pozitívne miery testu Abbott SARS-COV-2, test Daan Gene 2019-NCOV, test SARS-COV-2 BGI a test sansure Biotech 2019-NCOV boli 59,1%, 58,5%, 57,9% a 55,5%. Pozitívne a negatívne skóre referenčného štandardu zloženia (CRS) bolo 97 (59,1%) a 67 (40,9%) (tabuľka 1). V tejto štúdii bola definícia CRS založená na pravidle „akékoľvek pozitívne“, pričom zo štyroch výsledkov testov sa dva alebo viac výsledkov testov, ktoré poskytli rovnaký výsledok, považovali za skutočné pozitívne alebo negatívne.
V tejto štúdii sme zistili negatívnu percentuálnu dohodu (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) pre všetky analýzy v porovnaní s CRS. Biotechnologická analýza Sansure ukázala minimálnu PPA 93,8% (95% CI 87,2-97.1) a analýza DAAN Gene 2019-NCOV mala celkovú zhodu 99,4% (95% CI 96,6,6-99,9). Naopak, celková zhoda medzi testom SARS-CoV-2 BGI a testom Sansure Biotech 2019-NCOV bola 98,8% a 96,3% (tabuľka 2).
Cohenov kappa koeficient dohody medzi CRS a Abbott SARS-COV-2 Testy výsledky boli úplne konzistentné (K = 1,00). Podobne aj hodnoty Cohen's Kappa detegované Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI a Sansure Biotech 2019-NCOV sú tiež plne konzistentné s CRS (k ≥ 0,925). V tejto porovnávacej analýze test Chi-Square (McNemar Test) ukázal, že výsledky sansure Biotech 2019-NCOV sa významne líšili od výsledkov CRS (p = 0,031) (tabuľka 2).
Ako je znázornené na obr.1 Percento hodnoty najnižšej hodnoty CT (<20 CT) hodnoty Abbott SARS-2 (kombinovaný RDRP a N gén) bolo 87,6% a ORF1A/B gén CT hodnoty Sansure BioTech 2019-NCOV test ukázal, že percentuálny podiel nízkej hodnoty CT (<20 CT) bol 50,3% a vysoká hodnota CT (36-40 CT) (36-40 CT) (36-40 CT). 1 Percento hodnoty najnižšej hodnoty CT (<20 CT) hodnoty Abbott SARS-2 (kombinovaný RDRP a N gén) bolo 87,6% a ORF1A/B gén CT hodnoty Sansure BioTech 2019-NCOV test ukázal, že percentuálny podiel nízkej hodnoty CT (<20 CT) bol 50,3% a vysoká hodnota CT (36-40 CT) (36-40 CT) (36-40 CT).Ako je znázornené na obr.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа Abbott Sars-Cov-2 (комáva Orf1a/b анализа sansure Biotech 2019-ncov показало что процент низкого значения ct (<20 ct) с 36060) составлялvisо 3,2%. 1, percento najnižšej hodnoty CT hodnoty (<20 CT) Abbott SARS-COV-2 (kombinovaný gén RDRP a N) bolo 87,6%a CT hodnota analýzy génu ORF1A/B génu Analýzy Sansure Biotech 2019-NCOV ukázala, že hodnota nízkej CT hodnoty CT (<20 CT) predstavovala 50,3%a vysoká hodnota CT (36-40%CT).如图 1 所示 ， Abbott SARS-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比 （<20 CT） 为 为 为 为 为 为 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为 50,3% Ako je znázornené na obrázku 1, najnižšia hodnota CT hodnoty (<20 CT) testu Abbott SARS-COV-2 (kombinácia RDRP a N-génu) je 87,6%, hodnota génu ORF1A/B CT CT hodnoty sansure biotechan 2019-NCOV vykazuje nízky CT 值 (<20 CT) 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott sars-cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) размере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в и исследовании sansure Biotech 2019- анализ ncov пазал низкий ct. Ako je znázornené na obrázku 1, test Abbott SARS-Cov-2 (kombinácia génov RDRP a N) mal najnižšiu percentuálnu hodnotu CT (<20 CT) pri 87,6%, zatiaľ čo hodnota CT génu ORF1A/B v štúdii sansure biotechnic 2019-analýza NCOV vykazovala nízku CT. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а прент ысоких значений CT (36–40 CT) составил 3,2%. Percento hodnôt (<20 CT) bolo 50,3%a percento vysokých hodnôt CT (36–40 CT) bolo 3,2%.Test Abbott SARS-COV-2 B zaznamenal hodnoty CT nad 30. Na druhej strane, na teste BGI SARS-COV-2 mal gén ORF1A/B vysoký percentuálny podiel CT (> 36 CT) 4% (obr. 1). Na druhej strane, na teste BGI SARS-COV-2 mal gén ORF1A/B vysoký percentuálny podiel CT (> 36 CT) 4% (obr. 1). Сругой стороны, анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b имел ысокое значение ct (> 36 CT), пенент к к кот зз оо со со са ии и (). 1). Na druhej strane, v analýze génu BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B mala vysokú hodnotu CT (> 36 CT), ktorej percento bolo 4% (obr. 1).另一方面 “ Na druhej strane, v detekcii BGI SARS-2 je percento génu ORF1A/B s vysokou hodnotou CT (> 36 CT) 4% (obrázok 1). Сругой стороны, анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ы ысокимими зени зени ct (> 36 CT) с сосостаark 4% (1). Na druhej strane, v analýze BGI SARS-CoV-2 bolo percento génov ORF1A/B s vysokými hodnotami CT (> 36 CT) 4% (obr. 1).
V tejto štúdii sme odobrali 164 nosohltanových vzoriek. Pri všetkých typoch testov sa izolácia a amplifikácia RNA uskutočnila pomocou metód a súprav odporúčaných príslušnými výrobcami.
Táto štúdia preukázala, že Abbottov test na SARS-COV-2 má rovnakú detekčnú výkonnosť ako CRS, so 100% pozitívnym, negatívnym a celkovou zhodou. Cohenova dohoda Kappa je 1,00, čo naznačuje úplnú dohodu s CRS. Podobná štúdia University of Washington v USA zistila, že celková citlivosť a špecifickosť testu Abbott pre SARS-COV-2 bola 93% a 100%, v porovnaní s laboratórnym testom (LDA) CDC. 11. Detekčný systém Abbott SARS-2 je založený na súčasnej kombinovanej detekcii génov N a RDRP, pretože oba gény sú citlivejšie a minimalizujú falošné negatívy12. Štúdia vo Viedni v Rakúsku tiež ukázala, že veľké extrakčné objemy vzorky a detekčné objemy eluentov minimalizovali účinky riedenia a zvýšenú detekčnú účinnosť13. Abbottova perfektná zhoda s testom SARS-CoV-2 môže byť spojená so systémom detekcie platformy, ktorý súčasne detekuje kombinatorické gény, extrahuje veľké množstvo vzoriek (0,5 ml) a používa veľké množstvo eluentu (40 ul).
Naše výsledky tiež ukázali, že detekčná výkonnosť genetického testu Daan bola takmer rovnaká ako výkon CRS. Je to v súlade so štúdiou14 uskutočnenou na Anhui University v Huajane v Číne a nárokom na 100% pozitívnu dohodu výrobcu. Napriek hláseniam o konzistentných výsledkoch bola jedna vzorka po opakovanom opakovaní toho istého eluátu falošne negatívna, ale bola pozitívna v testoch Abbott SARS-COV-2 a SANSURE BIOTECH NCOV-2019. To naznačuje, že môže existovať variabilita výsledkov v rôznych typoch testov. V štúdii uskutočnenej v Číne15 však bol výsledok testu génu Daan významne odlišný (p <0,05) v porovnaní s ich referenčným testom definovaným laboratóriom. V štúdii uskutočnenej v Číne15 však bol výsledok testu génu Daan významne odlišný (p <0,05) v porovnaní s ich referenčným testom definovaným laboratóriom. Не менее, в иссследовании, проведенном в китае15, реззультат анализа daan géno значителves лабораторного эталого анализа. Avšak v štúdii v Číne15 bol výsledok analýzy Daan Gene významne odlišný (P <0,05) od ich laboratórnej referenčnej analýzy.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （p <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в иссследовании, проведенном в китае15, результататы генеbecves s сравнению с его ээалонным лабораторным тестом. Avšak v štúdii v Číne15 boli výsledky Daanovho genetického testu významne odlišné (p <0,05) v porovnaní s jeho referenčným laboratórnym testom.Táto nezrovnalosť môže byť spôsobená citlivosťou referenčného testu na detekciu SARS-COV-2 a ďalšie štúdie môžu byť dôležité na určenie príčiny.
Okrem toho naša štúdia vyhodnotila porovnávaciu výkonnosť testu SARS-CoV-2 BGI s CRS, čo vykazuje vynikajúcu pozitívnu percentuálnu dohodu (PPA = 97,9%), negatívnu percentuálnu dohodu (NPA = 100%) a celkovú percentuálnu dohodu podľa pohlavia (OPA). ). = 98,8%). Cohenove hodnoty Kappa vykazovali dobrú zhodu (K = 0,975). Štúdie v Holandsku16 a China15 preukázali konzistentné výsledky. Test SARS-CoV-2 BGI je detekčný test s jedným génom (ORF1A/B) s použitím 10 ul amplifikácie/detekcie. Napriek dobrej štatistickej zhode s našimi referenčnými výsledkami, analýza vynechala dve pozitívne vzorky (1,22%) z celkovej vzorky. To môže mať obrovské klinické dôsledky pre dynamiku prenosu na úrovni pacienta aj komunity.
Ďalšou porovnávacou analýzou zahrnutou do tejto štúdie bol test sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Celkové percento zápasu bolo 96,3%. Sila dohody bola stanovená aj Cohenova hodnota Kappa, ktorá bola 0,925, čo naznačuje úplnú dohodu s CRS. Naše výsledky sú opäť identické so štúdiami uskutočňovanými na Central South University v Changsha v Číne a na klinickom laboratórnom oddelení ľudovej nemocnice v Liuzhou, Liuzhou City, China17. Aj keď bola zaznamenaná vyššie uvedená dobrá štatistická zhoda, test Chi-kvadrát (maknemar test) ukázal, že výsledok biotechnologického testu Sansure mal štatisticky významný rozdiel v porovnaní s CRS (p <0,005). Aj keď bola zaznamenaná vyššie uvedená dobrá štatistická zhoda, test Chi-kvadrát (maknemar test) ukázal, že výsledok biotechnologického testu Sansure mal štatisticky významný rozdiel v porovnaní s CRS (p <0,005). ' (критерий макнемарарар) показал, что результат анализа Sansure Biotech имее s стата сате не не нис (Crs ( 0,005). Aj keď bola zaznamenaná dobrá štatistická dohoda vyššie, test Chi-Square (McNemar Test) ukázal, že výsledok testu sansure biotechnologických testov mal štatisticky významný rozdiel v porovnaní s CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （macnemar 检验） 表明 ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） ' статистически значимую разницу (p <0,005) между анализом sansure biotech и crs. Napriek uvedenej dobrej štatistickej dohode, ktorá je uvedená vyššie, test Chi-Square (McNemar Test) vykazoval štatisticky významný rozdiel (P <0,005) medzi testom biotechnologického testu Sansure a CRS.Zistilo sa, že šesť vzoriek (3,66%) je falošné negatívy v porovnaní s CRS (doplnková tabuľka 1); Je to veľmi dôležité, najmä vzhľadom na dynamiku prenosu vírusu. Vyššie uvedené údaje tiež podporujú túto nízku mieru detekcie15.
V tejto štúdii boli hodnoty CT stanovené pre každý test a príslušnú platformu, pričom najnižšia priemerná hodnota CT bola uvedená v teste Abbott SARS-COV-2. Tento výsledok môže súvisieť so súčasným kombinovaným genetickým testovacím systémom Abbotta na detekciu SARS-COV-2. Preto podľa obrázka 1 malo 87,6% výsledkov Abbott SARS-Cov-2 hodnoty pod 20 rokov. Iba malý počet výsledkov vzorky (12,4%) bol v rozsahu 20-30. Hodnoty CT nad 30 neboli zaznamenané. Okrem použitia formátu genetického testovania panela SARS-COV-2 Abbott môže tento výsledok súvisieť s nižším detekčným limitom (32,5 kópií RNA/ml) 18, ktorý je trikrát nižší ako nižšia limit spoločnosti RNA Copy/ml. ml) 19.
Táto štúdia má určité obmedzenia: Po prvé, nemáme štandardné/referenčné metódy [napríklad vírusové zaťaženie alebo iné laboratórne testy (LDA)] kvôli nedostatku zdrojov. Po druhé, všetky exempláre použité v tejto štúdii boli nosohlónnymi tampónmi, zatiaľ čo výsledky neboli použiteľné na iné typy vzoriek a po tretie, naša veľkosť vzorky bola malá.
Táto štúdia porovnávala výkon štyroch testov RRT-PCR pre SARS-COV-2 pomocou vzoriek nosohltanu. Všetky detekčné testy mali takmer porovnateľný výkon, s výnimkou biotechnologického testu Sansure. Okrem toho bola nízka miera pozitivity identifikovaná v teste sansure biotechnologický v porovnaní s CRS (p <0,05). Okrem toho bola nízka miera pozitivity identifikovaná v teste sansure biotechnologický v porovnaní s CRS (p <0,05). Кроме того, в тесте sansure Biotech ыыл ыявялы низкий процент пололожительных результатов пра срав сравй по сравй сравй сравй сравй сравove со срав сравц сравй срав сравв сравove со сравцв. Okrem toho test Sansure Biotech vykazoval nízke percento pozitívnych výsledkov v porovnaní s CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме того, анализ sansure biotech имел боves низкий уовень пололожительных результт по сравнень сравнен (с crs (p <0,05). Okrem toho mal biotechnologický test Sansure nižšiu mieru pozitivity v porovnaní s CRS (p <0,05).Analýza SANSURE Biotech NCOV-2019 (RUO) PPA, NPA a celková dohoda prekročila 93,5% s silou COHEN Kappa sily hodnoty dohody 0,925. Nakoniec, sansure biotechnologický test (RUO) potrebuje ďalšiu validáciu na použitie v Etiópii a na vyhodnotenie nárokov jednotlivých výrobcov by sa mal zvážiť ďalší výskum.
Dizajn porovnávacej štúdie sa uskutočnil v štyroch zdravotníckych zariadeniach v Addis Abebe, nemocnici Eka Kotebe, liečebnom centre tisícročia, Zewooditu Memorial Hospital a nemocnici sv. Petra. Údaje boli zozbierané od 1. do 31. decembra 2020. Zdravotnícke zariadenia pre túto štúdiu boli zámerne vybrané na základe ich vysokého počtu prípadov a dostupnosti hlavných liečebných stredísk v meste. Podobne boli nástroje vrátane nástrojov PCR v reálnom čase ABI 7500 a Abbott M2000 vybrané podľa odporúčaní výrobcov činidiel NAAT a pre túto štúdiu boli vybrané štyri detekčné súpravy PCR, pretože väčšina laboratórií v Etiópii používali aspoň štyri z nich. Génový test, test Abbott SARS-COV-2, test sansure biotechnologický test a test SARS-COV-2 BGI vykonaný počas štúdie).
Testovanie na SARS-COV-2 sa uskutočňovalo od 1. do 30. decembra 2020 s použitím 3 ml vírusového transportného média (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Čína) od jednotlivcov, ktorí sú predmetom vyšetrovania Covid-19, označovaných na EPHI. Vzorky nosohltanu sa odobrali školenými vzorkami a odoslané do EPHI v trojitých baleniach. Pred izoláciou nukleovej kyseliny je každej vzorke priradené jedinečné identifikačné číslo. Extrakcia sa vykonáva z každej vzorky okamžite po príchode pomocou manuálnych a automatických metód extrakcie. Preto sa pre automatickú extrakciu Abbott M2000, 1,3 ml (vrátane 0,8 ml mŕtveho objemu a 0,5 ml extrakčného objemu objemu vzorky) vzorky z každej vzorky a prešla cez systém prípravy vzorky Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. Des Pares, USA). ) Dávka 96 [92 vzoriek, dve kontroly detekcie a dve netevné kontroly (NTC)] bola zahrnutá do celkového procesu (získavanie a detekcia) dvoch kôl SARS-COV-2 (EUA) v reálnom čase. ťažba. Podobne pre manuálnu extrakciu použite rovnaké vzorky (na automatickú extrakciu a objav). Počas celého procesu sa teda 140 ul vzoriek alikkotovalo a extrahovalo pomocou súpravy vírusovej RNA Qiaamp RNA (Qiagen GmbH, Hilden, Nemecko) v dávkach po 24 (vrátane 20 vzoriek, dvoch testovacích kontrol a dvoch NTC) na deviatich kolách. Ručne extrahované eluáty boli amplifikované a detegované pomocou tepelného cyklu ABI 7500 pomocou testu SARS-COV-2 BGI, testu génov Daan a sansure biotechnologických testov.
Automatizovaná izolácia a čistenie vírusovej RNA SARS-CoV-2 sleduje princíp magnetických guľôčok pomocou reagencií prípravy vzorky Abbott DNA. Inaktivácia vzoriek a solubilizácia vírusových častíc sa vykonáva s použitím detergentu obsahujúceho guanidín izotiokyanát na denaturovanie proteínu a inaktiváciu RNázy. RNA sa potom oddeľuje od proteínu separáciou tuhej fázy pomocou oxidu kremičitého, tj guanidíniová soľ a alkalické pH lýzového pufra podporuje väzbu nukleových kyselín na oxid kremičitý (SiO2). Krok opláchnutia odstraňuje zostávajúce proteíny a zvyšky, aby sa vytvoril jasný roztok. Transparentná RNA je izolovaná z mikročastíc na báze oxidu kremičitého pomocou magnetického poľa 20,21 prístroja. Na druhej strane sa manuálna izolácia a čistenie RNA vykonáva metódou spinového stĺpca s použitím centrifugácie namiesto magnetického stojana a separácie mikročastíc od Eluentu.
Detekčný test SARS-2 v reálnom čase Abbott (Abbott Molecular, Inc.) sa uskutočnil podľa pokynov výrobcu, ktorý získal EUA19,22 od WHO a FDA. V tomto protokole inaktivácia vzorky pred extrakciou sa uskutočnila vo vodnom kúpeli pri 56 ° C počas 30 minút. Po inaktivácii vírusu sa extrakcia nukleových kyselín uskutočňovala na prístroji Abbott M2000 SP z 0,5 ml VTM s použitím prípravného systému vzorky Abbott M2000 DNA. Podľa výrobcu. Amplifikácia a detekcia sa uskutočňovali pomocou prístroja Abbott M2000 RT-PCR a pre gény RDRP a N sa uskutočnila duálna detekcia. ROX) a VIC P (patentované farbivo) na zacielenie a detekciu vnútorných kontrol, čo umožňuje súčasnú detekciu oboch produktov amplifikácie 19.
Metóda detekcie amplifikácie tejto súpravy je založená na technológii jedného kroku RT-PCR. Gény ORF1A/B a N boli vybrané ako konzervované regióny technológiou Génu DAAN na detekciu amplifikácie cieľovej oblasti. Špecifické priméry a fluorescenčné sondy (N génové sondy označené sondami FAM, ORF1A/B označené VIC) boli navrhnuté tak, aby detegovali SARS-COV-2 RNA vo vzorkách. Konečné eluentné a hlavné zmesi sa pripravili pridaním 5 ul eluentu do 20 ul hlavnej zmesi do konečného objemu 25 ul. Amplifikácia a detekcia sa uskutočňovali súčasne na prístroji ABI 750024 PCR v reálnom čase.
Gény ORF1A/B a N boli detegované pomocou diagnostickej súpravy NUCLEOVEJ KAKCIS SANSURE BIOTECH NCOV-2019 (fluorescenčná detekcia PCR). Pripravte špecifické sondy pre každý cieľový gén výberom kanála FAM pre oblasť ORF1A/B a ROX kanál pre g gén N. K tejto testovacej súprave sa reagenty Eluent a Master Mix pridávajú nasledovne: Pripravte 30 ul činidla hlavnej zmesi a 20 ul eluovanej vzorky na detekciu/amplifikáciu. Na amplifikáciu/detekciu sa použil PCR ABI 750025 v reálnom čase.
Test SARS-CoV-2 BGI je fluorescenčná súprava RRT-PCR v reálnom čase na diagnostiku Covid-19. Cieľová oblasť sa nachádza v oblasti ORF1A/B genómu SARS-CoV-2, čo je metóda detekcie jedného génu. Okrem toho je ľudský gén pre domácnosť β-aktín interne regulovaný cieľový gén. Hlavná zmes sa pripravuje zmiešaním 20 ul reagencie hlavnej zmesi a 10 ul extrahovanej vzorky RNA v doštičke jamky26. Na amplifikáciu a detekciu sa použil fluorescenčný kvantitatívny kvantitatívny kvantitatívny prístroj PCR ABI 7500. Všetky amplifikácia nukleových kyselín, podmienky spustenia PCR pre každý test a interpretácia výsledkov sa uskutočnila podľa pokynov príslušného výrobcu (tabuľka 3).
V tejto porovnávacej analýze sme nepoužili referenčnú štandardnú metódu na určenie percentuálnej zhody (pozitívna, negatívna a celkovo) a ďalšie porovnávacie parametre pre štyri analýzy. Každé porovnanie testov sa uskutočnilo s CRS, v tejto štúdii bol CRS stanovený pravidlom „akýkoľvek pozitívny“ a výsledok bol stanovený, nie jediným testom, použili sme najmenej dva výsledky testov. Okrem toho sú v prípade prenosu Covid-19 falošné negatívne výsledky nebezpečnejšie ako falošne pozitívne výsledky. Preto, aby sme povedali „pozitívne“ čo najpresnejšie z výsledku CRS, najmenej dva testovacie testy musia byť pozitívne, čo znamená, že aspoň jeden pozitívny výsledok pravdepodobne pochádza z testu EUA. Zo štyroch výsledkov testov sa teda dva alebo viac výsledkov testov, ktoré poskytujú rovnaký výsledok, považujú za skutočné pozitívne alebo negatívne18,27.
Dáta sa zbierali pomocou formulárov štruktúrovaných údajov o extrakcii údajov, zadávanie a analýza údajov sa uskutočňovali pomocou štatistického softvéru Excel a SPSS verzie 23.0 pre opisnú štatistiku. Analyzovala sa pozitívna, negatívna a celková percentuálna dohoda a na určenie stupňa dohody každej metódy s CRS sa použilo skóre Kappa. Hodnoty Kappa sa interpretujú takto: 0,01 až 0,20 pre miernu dohodu, 0,21 až 0,40 pre všeobecnú dohodu, 0,41-0,60 pre miernu dohodu, 0,61-0,80 pre hlavnú dohodu a 0,81-0,99 pre kompletnú dohodu28.
Etický klírens bol získaný od University of Addis Abeba a všetky experimentálne protokoly pre túto štúdiu schválili Rada pre vedeckú etiku Etiópskeho zdravotného inštitútu. Referenčným číslom pre licenciu na etiku EPHI je EPHI/IRB-279-2020. Všetky metódy sa uplatňovali v súlade s odporúčaniami a ustanoveniami etiópskych národných komplexných usmernení pre zaobchádzanie s Covid-19. Okrem toho bol pred účasťou na štúdii získaný písomný informovaný súhlas od všetkých účastníkov štúdie.
Všetky údaje získané alebo analyzované v tejto štúdii sú zahrnuté v tomto publikovanom článku. Údaje podporujúce výsledky tejto štúdie sú k dispozícii od príslušného autora na primeranú žiadosť.
Svetová zdravotnícka organizácia. Odporúčania pre stratégie laboratórnych testov pre Covid-19: dočasné usmernenie, 21. marca 2020 č. WHO/2019-NCOV/Lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnóza na pohotovostnom oddelení: All-in v praxi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnóza na pohotovostnom oddelení: All-in v praxi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gurgulianis, KI Intelligent Diagnóza Covid-19 v pohotovostnom oddelení: všetko v praxi.Muliou DS, Pantazopoulos I. a Gurgulyanis Ki Intelligent Diagnóza Covid-19 v pohotovostných oddeleniach: integrácia end-to-end v praxi. Expert Reverend Respire. liek. 3, 263 - 272 (2022).
Mitchell, Sl & St. George, K. Hodnotenie Covid19 ID teraz EUA Test. Mitchell, Sl & St. George, K. Hodnotenie Covid19 ID teraz EUA Test.Mitchell, SL a St. George, K. Hodnotenie Covid19 ID teraz EUA Testy.Mitchell SL a St. George K. Hodnotenie Covid19 ID TERAZ EUA. J. Clinical. Vírus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
SZO. Laboratórna detekcia koronavírusovej choroby 2019 (Covid-19) pri podozrivých ľudských chorobách. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (prístup k 15. augusta 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. a kol. Diagnostika Covid-19: Choroby a testovacie nástroje. ACS Nano 14 (4), 3822 - 3835 (2020).
Syed S. a kol. Zriadenie Vysokej školy patológov východnej, strednej a južnej Afriky - regionálna patológia na Blízkom východe a Južnej Afrike. Afrika. J. Lab. liek. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiópsky inštitút verejného zdravia, federálne ministerstvo zdravotníctva. Dočasná národná stratégia a usmernenie pre laboratórnu diagnostiku Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagrisis_eng.pdf (sprístupnené 12. augusta 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, ako falošné negatívne testy na výzvy a dôsledky infekcie SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, ako falošné negatívne testy na výzvy a dôsledky infekcie SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim ako falošné negatívne testy na infekcie SARS-CoV-2 a ich dôsledky.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim ako nepravdivé negatívne testy na provokáciu a vplyv infekcie SARS-COV-2. N. Eng. J. Medicine. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False pozitívne a nepravdivé negatívne prípady Covid-19: stratégie prevencie a riadenia dýchacích ciest, vakcinácia a ďalšie perspektívy. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False pozitívne a nepravdivé negatívne prípady Covid-19: stratégie prevencie a riadenia dýchacích ciest, vakcinácia a ďalšie perspektívy. Mouliou, ds a gourgoulianis, ki ложнопоrimrastrastrastrastperperperrastperperperperers ark лыаи Covid и и и и и л л (л л л л л л л л л л л л л л л л л л л л л л л п п п п п. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False pozitívne a falošne negatívne prípady Covid-19: stratégie prevencie a liečby dýchacích ciest, vakcinácia a cesta vpred.Muliu, DS a Gurgulianis, KI False pozitívne a falošne negatívne prípady Covid-19: stratégie na prevenciu a liečbu dýchacích ciest, očkovanie a cesta vpred. Expert Reverend Respire. liek. 15 (8), 993 - 1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnóza na pohotovostnom oddelení: videnie stromu, ale strata lesa. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnóza na pohotovostnom oddelení: videnie stromu, ale strata lesa.Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. Covid-19 Diagnóza na pohotovostnom oddelení: pozri strom, stratte les.Muliou DS, Ioannis P. a Konstantinos G. Covid-19 Diagnóza v pohotovostných miestnostiach: nie dostatok lesa pre stromy. Objaviť sa. liek. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. a kol. Validácia a validácia analytického a klinického výkonu testu SARS-2 Abbott Realtime SARS-COV-2. J. Clinical. Vírus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-nebystanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Porovnanie piatich súborov primérov z rôznych genómových regiónov Covid-19 na detekciu vírusovej infekcie konvenčnými RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-nebystanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Porovnanie piatich primérových súborov z rôznych genómových oblastí Covid-19 na detekciu vírusovej infekcie konvenčnou RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neneestanaki, D., Fazlalipour, M. a Aflatunyan, B. Porovnanie piatich súborov primérov z rôznych oblastí genómu Covid-19 na detekciu vírusovej infekcie konvenčným RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-nebystanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Porovnanie 5 rôznych genetických oblastí Covid-19 na detekciu vírusovej infekcie konvenčným RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neystanaki D, Fazlalipour M. a Aflatunyan B. Porovnanie piatich súborov primérov z rôznych oblastí genómu Covid-19 na detekciu vírusovej infekcie konvenčným RT-PCR.Irán. J. Microbiology. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. a kol. Predbežné výsledky Národného programu externého hodnotenia kvality na detekciu sekvencií genómov SARS-CoV-2. J. Clinical. Vírus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. a kol. Analytické hodnotenie účinnosti piatich súprav RT-PCR pre závažné akútne respiračný syndróm koronavírus 2. J. Clinical. Laboratórium. konečník. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. a kol. Hodnotenie siedmich komerčne dostupných detekčných súprav RNA SARS-CoS-2 v Číne na základe polymerázovej reťazovej reakcie v reálnom čase (PCR). klinické. Chemický. Laboratórium. liek. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB a kol. Porovnanie siedmich komerčných diagnostických súprav RT-PCR Covid-19. J. Clinical. Vírus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, a kol. Porovnanie diagnostického výkonu dvoch súprav PCR na detekciu nukleových kyselín SARS-CoV-2. J. Clinical. Laboratórium. konečník. 34 (10), E23554 (2020).
LeFart, PR atď. Porovnávacia štúdia štyroch platforiem testovania amplifikácie nukleových kyselín SARS-CoS-2 (NAAT) ukázala, že výkon ID teraz bol významne degradovaný v závislosti od typu pacienta a vzorky. diagnostika. Mikrobiológia. Infikovať. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molecule. Abbott v reálnom čase SARS-COV-2 Analysis Package vložte. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-ussay. 1-12. (Od 10. augusta 2020) (2020).
Klein, S. a kol. Izolácia RNA SARS-CoV-2 RNA s použitím magnetických guľôčok na rýchlu detekciu rozsahu pomocou RT-QPCR a RT-LAMP. Vírus 12 (8), 863 (2020).